『幻想三国志3』的故事发生在二代十数年前，时值东汉光和年间，汉灵帝宠信宦官，不务朝纲；宦官大权在握，戮杀忠臣良贤，朝政日益凋败。故事的起源，将依据玩家对男女主人公的选择，分别从位于神农山中的平凡小村庄或者巨鹿太平道观开始。

《幻想三国志3》

　　结合三国历史与原创剧情的特色，『幻想三国志3』这次故事舞台将发展于黄巾之乱时代，自然不乏英雄豪杰与重大战役的穿插，不过在全新剧情发展下，将带来什么样不同于以往角度的诠释这段历史，也就留待玩家细细玩味了。

　　本作采多主线的方式进行游戏，玩家可自由选择以喜爱发明与剑术的男主人公夏皓、或者活泼可人的女主人公张婕来进行游戏；旅程中陆续还会加入七名伙伴，随着故事的进行，男女主人公都有机会选择自己所心仪的另一半，而命运的洪流究竟会将众人牵引至什么样的道路上，就全靠玩家依喜好做下不同的决定，来达成属于自己的最终结局。